Ta część pracy należy do najważniejszych, rozdziały i podrozdziały po przez swoje opracowanie i układ tworzą swoiste jądro, wokół którego piszemy całą resztę. Najczęściej pisze się je jako pierwsze, a gdy są już gotowe w oparciu o nie wstęp i zakończenie. Rozdziały zaczynamy od nowej strony, natomiast podrozdziały mogą być oddzielone od siebie jednym pustym wierszem. Tytuł i numer podrozdziału można wyróżnić z tekstu, można je również umieścić na środku, aby był bardziej czytelny.
Należy mieć również na uwadze, że poprawna praca magisterska powinna składać się przynajmniej z trzech rozdziałów, gdyż mniejsza ich liczba wygląda dość dziwnie. W każdym rozdziale powinny być zawarte, co najmniej dwa podrozdziały. Nie należy również przesadzać ze zbyt dużą liczbą rozdziałów i podrozdziałów, aby praca nie składała się z kilkudziesięciu rozdziałów. Podział na podrozdziały w kolejnych rozdziałach pracy powinien być mniej więcej równy.
Dość częstym błędem występującym podczas pisania pracy, jest dzielenie jej na części. Praca może składać się z rozdziałów podzielonych na kilka podrozdziałów, które mogą dzielić się jeszcze na punkty, lecz nic ponad to. Należy unikać, bowiem zbytniego skomplikowania szkieletu pracy, jej przejrzystości oraz logicznego układu. Tylko od nas i naszego promotora zależy decyzja, co będzie zamieszczone w kolejnych rozdziałach i podrozdziałach. Należy zwrócić uwagę na to, aby każdy rozdział rozpoczynać kilkoma zdaniami na temat treści rozdziału, które będą wstępem do bardziej szczegółowych rozważań.
